За годы своего существования этот исторический объект «оброс» немалым количеством загадок и легенд.
Согласно официальной версии, идея поместить тело В.И. Ленина в Мавзолее родилась среди большевиков и рабочих. После смерти вождя руководству Советской России стало поступать множество писем от трудящихся с подобными предложениями. В правительстве эту идею поддержали (за исключением Л.Д. Троцкого, который назвал эту идею «безумием»). По мнению многих историков, инициатива забальзамировать тело вождя и поместить его в Мавзолей исходила лично от Иосифа Сталина. Таким способом он попытался навязать советскому народу некое подобие новой религии, которая напоминает культы Древнего Египта, обожествлявших фараонов. И действительно, Мавзолей многие года был для советских людей объектом поклонения.
Тело Ленина бальзамировали под руководством биохимика Б.И. Збарского, который на протяжении последующих 30 лет заботился о содержании останков вождя в необходимом состоянии, пока его не настигла собственная смерть в 1954 году. В 1939 году Министерство здравоохранения СССР организовало научно-исследовательскую лабораторию, которая решала научно-практические задачи по сохранению тела руководителя Революции. Для этого была выделена отдельная площадь в одном из помещений внутри Мавзолея. Лаборатория существовала почти 50 лет, а в 1992 году вошла в состав Всесоюзного института лекарственных и ароматических растений (ВИЛАР) в качестве Научно-исследовательского и учебно-методического центра биомедицинских технологий.
Останки Ленина раз в полтора года погружают в бальзамическую жидкость. Хотя и без этой процедуры мумия способна не портиться на протяжении нескольких десятков лет.
Любопытен факт, что изначально тело вождя хотели заморозить. С таким предложением выступил член ЦИК Леонид Красин. Его идею поддержали Молотов и Дзержинский. Но, как оказалось, в то время было невозможно обеспечить бесперебойное питание морозильника электроэнергией, то есть в случае ее отсутствия останки вождя могли пострадать.
С началом Великой Отечественной войны, а именно в июле 1941 года тело Ленина эвакуировали в Тюмень. Саркофаг был помещен на второй этаж здания - нынешнего главного корпуса Тюменской государственной сельскохозяйственной академии. Данная информация, конечно же, была засекреченной, но слухи в народе ходили. По словам сотрудников учебного заведения в то время тело Ленина начало покрываться черной плесенью, за что чуть не расстреляли академика Збарского. Однако, ему удалось спасти мумию от этой напасти, тем самым сохранив себе жизнь. В апреле 1945 года саркофаг вновь вернули в Москву.
Некоторое время ходили слухи, что в Мавзолее лежит вовсе не Ленин. Эта версия появилась после того, как эксперт ЦНЭАТ А.Н. Колмыков по результатам криминально-портретной экспертизы фотоснимков Ленина огласил сенсационные выводы. По его мнению, на снимках с подписью «В.И. Ленин перед звукозаписывающим аппаратом в Кремле. Москва, 29 марта 1919 года» и «Тело В.И. Ленина в Доме Союзов» (1927 год), совсем другой человек, не тот, что на фотографиях молодого Ульянова. Конспирологи считают, что Владимир Ильича могли подменить, когда он пребывал в Германии. Вероятно, что настоящий Ульянов не согласился возглавить переворот в Российской империи, и тогда его могли ликвидировать, а вместо него отправили своего агента. А картавость вождя, вероятно, иностранный акцент. Тем не менее, уверенно говорить о подмене не стоит, возможно дефект речи был у Ульянова с детства. Так это или нет пока никто подтвердить не может.
Несколькими годами ранее в интернете появилась загадочная запись из Мавзолея, выполненная пленочной камерой. На записи видно, как мумия Ленина поднимает левую руку, а затем всем телом тянется вперед, после чего падает обратно в саркофаг. Видео заинтересовало исследователей паранормальных явлений из США. Эксперты проанализировали запись и пришли к выводу, что это оригинал, безо всякого фотомонтажа и спецэффектов. А цифры раскадровки и время вверху экрана полностью соответствуют нормативам, которые используют камеры в Мавзолее». Исследователи во главе с профессором Джоном Капри пытались провести обследование тела вождя на предмет его воскрешения, однако охрана мавзолея им этого не позволила.
Эта история породила множество легенд о том, что мумия Ленина давным-давно подает признаки жизни, что многократно фиксировалось служащими Мавзолея и Кремля. Не зря же во времена СССР лозунг пророчил: «Ленин жил, Ленин жив, Ленин будет жить!»