Нетрудно догадаться, что интригующее название шарашкина контора относится к сомнительной, несерьезной организации.
Относительно происхождения фразы высказывается гипотеза, что фразеология образована от диалектики – «шараш», то есть жулик, шваль. Если «шараш» - это жульё, то шарашкина контора - это сомнительная или преступная организация, конгломерат мошенников и проходимцев. В народе существует даже несколько разновидностей фразеологии: «шараш-монтаж», «шарага».
Существует один ненаучный феномен в разговорной речи: когда выражение укореняется в языке, люди пытаются свести его произношение к минимуму, насколько это возможно, чтобы проговорить на одном дыхании. К примеру, громоздкое слово «видеомагнитофон» со временем стало простым «видаком» или «видичем». То же самое можно сказать и о словосочетании «шарашкина контора» - это довольно близкий предок «шараги».
Тем не менее, изначально «шарашки» не были жульническими или сомнительными организациями. В советское время они являлись наименованием различных конструкторских бюро и научно-исследовательских институтов тюремного типа, относящихся к НКВД и МВД СССР. Стены этих учреждений хранили плоды интеллектуального труда осуждённых инженеров и ученых, которые здесь работали.
Многие отечественные конструкторы и выдающиеся учёные прошли через эти заведения. Основным их направлением являлась разработка военной и специальной техники. Это был государственный механизм для использования дешевой рабочей силы и умов.
Возникновение первых шарашкиных контор относится к 1928—1930 годам 20-го века. Волна массового террора, направленного против технической интеллигенции, патриотично именовалась «борьба с вредительством». Благодаря активной антивредительской кампании, в 1930 году в заключении оказалось множество квалифицированных специалистов, оговоренных фальсифицированными обвинениями.
Во время ВОВ в «шарашкиных конторах» трудились немецкие военнопленные. Ликвидация «шарашек» началась лишь только после смерти И.В. Сталина в 1953 году.